Прошедший сентябрь на территории заповедника выдался немного теплее обычного (выше нормы на 0,8 градуса), и с осадками чуть ниже нормы. В первые дни сентября продолжалась летняя погода, чему способствовал Европейский антициклон. Днем воздух прогревался до +22...+27, ночью температура опускалась лишь до +8...+14. Наблюдалась ясная и сухая погода.

С 3 сентября на погоду начали влиять циклоны: в период 3-5 сентября - каспийский, с 5 по 10 сентября - южные циклоны. В эти дни преобладала пасмурная погода с дождями, в отдельные дни сильными. За сутки 4 сентября в с. Атрать выпало 17 мм осадков, а 8 сентября - 15 мм. Температура воздуха в эти дни днем составляла +12...+17 градусов, ночью +8...+10.

Почти вся вторая декада месяца прошла под влиянием Азорского антициклона. Преобладала малооблачная и в основном сухая погода, лишь 11 сентября на теплом атмосферном фронте прошли небольшие дожди. Днем воздух прогревался до +20...+22 градусов, а в отдельные дни до +24...+26. Ночью температура опускалась до +7...+12.

С начала третьей декады на смену теплому Азорскому антициклону, с севера на заповедник сместился холодный Скандинавский антициклон. Солнечная погода сменилась на погоду с переменной облачностью, а затем на пасмурную, несмотря на то, что наблюдалось очень высокое атмосферное давление.

Существенные осадки продолжали отсутствовать, лишь в отдельные дни прошли небольшие моросящие дожди. Температура воздуха днем в начале декады еще поднималась до +13...+15 градусов, ближе к концу декады поднималась едва лишь до +7...+10 градусов. Ночью воздух остывал до 0...+4. 23 и 25 сентября наблюдались заморозки.

В последние дни сентября через заповедник прошел холодный атмосферный фронт циклона, который принес осадки, за 2 суток выпало 7 мм.

В итоге среднемесячная температура сентября составила +12,0 градусов, что выше нормы на 0,8 градусов. Осадков на территории заповедника выпало 51 мм, что составляет 84% от нормы. Максимальная температура воздуха отмечена 2 сентября +26.7 градусов. Минимум зафиксирован 25 сентября -0,6 градусов.